Que les roues de 50mm de hauteur soient un peu moins confortables que les 40mm, ça paraît logique.
Néanmoins tes pressions sont déjà super élevées sur les pneus de 25mm, alors 0,7-0,8b de moins sur les 28mm, c’est normal que ce soit un minimum pour ne pas rebondir. Les différents calculateurs de pression pour ton poids préconisent des pressions de l’ordre de 5b voire un peu moins…
En ce qui concerne la sensibilité au vent, mon expérience c’est qu’une jante en V de 33mm n’est pas moins sensible qu’une jante en U de 45mm, à pneus identiques, type et nombre de rayons équivalents et vélo identique.
Dans ton cas, il y a trop de paramètres qui changent (pneus/pression/rayons et état de forme,…), pour tirer une conclusion claire.